碳源是微生物生长繁殖所必需的营养物质。微生物如同生物处理系统中的“工作者”，而碳源就像是它们的“食物”。在生物处理反应器中，微生物需要利用碳源来维持自身的生命活动，进行自我增殖。例如，在传统的污水处理工艺中，微生物通过摄取碳源中的碳元素构建细胞物质，进而繁殖出更多的微生物个体，形成活性污泥的一部分，帮助降解污水中的有害物质，提高系统处理污水的能力。污水中含有大量如脂肪、当地蛋白质、本地碳水化合物、同城有机酸等的有机污染物。碳源可促进微生物生长，而微生物通过其代谢作用将这些复杂性有机物逐步降解转化为二氧化碳和水等较为无害的物质，从而达到去除污水中有机物、当地净化污水的目的。与此同时，有机物质的降解会产生氢离子，如果pH值过低则对微生物生长和代谢产生不利作用，不过碳源在这一过程中可以起到一定的调节pH值的作用，避免该问题的恶化，保障微生物降解污染物的能力不被削弱。

按照能否被微生物快速利用分类快速碳源：来的快，去的也快的碳源，能较快被微生物利用，如葡萄糖、当地红糖、同城蜂蜜等。微生物能迅速吸收这些物质，进行细胞代谢和生长繁殖活动。缓释碳源或长效碳源：作用缓慢但持续时间较长的碳源。像淀粉、附近谷物粉、当地小米粉等大分子有机物属于此类。由于一些微生物不能直接利用大分子物质，需要先把它们分解成小分子才能被其他微生物利用，这个分解过程消耗能量，所以其作用发挥相对缓慢.（三）按照生产方式分类发酵碳源：通过发酵的方式获得的碳源。例如利用生物工程原理，对糖类、当地农产品废料等发酵生产出的生物质碳源。普通碳源（或传统碳源）：包括化学合成碳源、本地提取碳源和纯化碳源，如一些化工合成的小分子有机酸、醇类或者直接从自然资源中提取和纯化得到的单一有效成分的碳源等。